เมื่อมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ มหาวิทยาลัยสงฆ์แห่งคณะสงฆ์ไทย วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ กรุงเทพมหานคร ได้ดำเนินการศึกษาในรูปของมหาวิทยาลัยสงฆ์ เมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๐ เป็นต้นมา ในระยะแรกๆ ที่เปิดการศึกษานั้น มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีปัญหาเกี่ยวกับการเงินที่เป็นค่าใช้จ่ายมาก บางเดือนไม่มีเงินจ่ายค่าพาหนะครูอาจารย์ ค่าน้ำ ค่าไฟ ค่าโทรศัพท์และอื่นๆ เลย
ปัญหาเรื่องการเงินของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนี้ ได้ทราบถึงท่านผู้หญิงละเอียด พิบูลสงคราม ในขณะที่ท่านได้มาเข้าปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐาน และฟังธรรมบรรยายที่สำนักธรรมวิจัย มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ท่านได้ถวายคำแนะนำแด่พระเดชพระคุณท่านเจ้าคุณพระพิมลธรรม (อาสภมหาเถระ) ทุติยสภานายก สังฆมนตรีว่าการองค์การปกครอง และอธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ปัจจุบันว่า มหาวิทยาลัยสงฆ์ควรจัดตั้งมูลนิธิขึ้น เพื่อเก็บดอกผลไว้ใช้บำรุงการศึกษา ปัญหาการขาดเงินค่าใช้จ่ายของมหาวิทยาลัยจะค่อยๆ ลดน้อยลงไป
พระพิมลธรรม (อาสภมหาเถระ) จึงได้มีบัญชาให้พระธรรมวรนายก (สมบูรณ์ จนฺทโก) อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เจ้าคณะจังหวัดนครนายกและเจ้าอาวาสวัดอุดมธานี พระกรวีวรญาณ (ศ.พิเศษ จำนงค์ ทองประเสริฐ) สั่งการเลขาธิการมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พระเมธีสุทธิพงศ์ (เกี่ยว อุปเสโณ) หัวหน้าแผนกกองวิชาการ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ไปดำเนินการจัดตั้งมูลนิธิมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๐ ในระยะเริ่มแรกเรียกว่า “เงินอุปถัมภ์การศึกษา”เรื่อยมาจนถึง พ.ศ. ๒๕๐๗ จึงได้จัดตั้งเป็นมูลนิธิ โดยมีนายเกษม บุญศรี ได้ขออนุญาตจัดตั้ง “มูลนิธิมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย”ตามสำเนาเลขอนุญาตที่ ต.๗/๒๕๐๗ และเลขคำขอที่ ๗/๒๕๐๗